Ancak bazı bireylerde laktaz üretimi yetersiz veya hiç olmayabilir, bu da laktoz intoleransı adı verilen bir duruma yol açabilir. Laktoz sindirilmeden kalın bağırsağa ulaştığında onu fermente eden, gaz üreten ve şişkinlik, karın ağrısı, ishal gibi semptomlara neden olan bakterilerle karşılaşır.
Laktoz intoleransı ile yaşanan ağrı genellikle alt karın bölgesinde veya göbek çevresinde hissedilir; bu, laktozun ince bağırsakta (üst karın) sindirileceği yerden farklıdır. Bunun nedeni, laktozun bakteriler tarafından fermentasyonunun öncelikle alt karın bölgesinde bulunan kolonda meydana gelmesidir.