Balık yağı özellikle LDL (kötü) kolesterolü düşürmede ve HDL (iyi) kolesterolü artırmada etkilidir. Balık yağında bulunan iki omega-3 yağ asidi olan EPA ve DHA, bu faydalı etkilerle ilişkilendirilmiştir. EPA'nın karaciğerdeki LDL kolesterol üretimini doğrudan azalttığına inanılırken, DHA'nın kan dolaşımından LDL'nin uzaklaştırılmasını artırabileceğine inanılıyor.
Kolesterol seviyeleri üzerindeki tam etkiyi görmek için genellikle balık yağı takviyelerinin birkaç ay boyunca tutarlı bir şekilde alınması önerilir. Bununla birlikte, özellikle altta yatan bir sağlık sorununuz varsa veya herhangi bir ilaç kullanıyorsanız, balık yağı takviyesi almadan önce mutlaka bir sağlık uzmanına danışmanız önerilir.