Peynirde en fazla enerji sağlayan besin maddesi yağdır. Peynir sütten yapılan bir süt ürünüdür ve yüksek oranda yağ içerir. Peynirdeki yağın türü, kullanılan sütün türüne ve üretim sürecine bağlı olarak değişebilir ancak genellikle doymuş ve doymamış yağların bir karışımıdır. Doymuş yağlar, en sık kalp hastalığı ve diğer sağlık sorunlarıyla ilişkilendirilen yağ türüdür, ancak doymamış yağlar, ölçülü tüketildiğinde sağlığa faydalı olabilir.