Protein sindirimi ince bağırsakta sona erer. Proteinler midede pepsin enzimi tarafından kısmen sindirilir ve ince bağırsakta trypsin, kimotripsin ve elastaz gibi çeşitli enzimler tarafından amino asitlere parçalanır. Bu amino asitler daha sonra ince bağırsağı kaplayan hücreler tarafından emilir.