Kapalı sindirim sisteminin en büyük avantajı zararlı maddelerin vücuda girmesini engellemeye yardımcı olmasıdır. Çünkü besinler sisteme yalnızca tek bir noktadan (ağızdan) girer ve tüm sindirim sistemini geçip atık olarak dışarı atılana kadar dışarı çıkamaz.
Buna karşılık, bazı hayvanlarda sindirim sisteminin sürekli bir tüp olmadığı açık bir sindirim sistemi vardır. Bunun yerine bir ucu, genellikle anüs açıktır ve besinler bu açıklıktan sisteme girip çıkabilir. Bu tür bir sindirim sistemi, gıdalardan besin maddelerinin çıkarılmasında daha verimli olabilir, ancak aynı zamanda zararlı maddelerle kontaminasyon riski de daha yüksektir.
Kapalı sindirim sistemleri tüm omurgalıların yanı sıra bazı yumuşakçalar ve eklembacaklılar gibi bazı omurgasızlarda da bulunur.