İnce bağırsak yarı geçirgendir, yani bazı maddelerin geçişine izin verirken diğerlerinin geçişini engeller. Bu, vücudun yediğimiz yiyeceklerdeki besin maddelerini emmesine olanak tanırken zararlı maddelerin kan dolaşımına girmesini önler. İnce bağırsak, sıkı bağlantı adı verilen küçük gözeneklere sahip bir epitel hücre tabakasıyla kaplıdır. Bu sıkı bağlantılar, su ve glikoz gibi küçük moleküllerin geçmesine izin verirken, proteinler ve yağlar gibi daha büyük molekülleri bloke eder. İnce bağırsakta ayrıca besin maddelerinin kan dolaşımına emilmesine yardımcı olan bir kan damarları ağı da bulunur.