Midede meydana gelen ana sindirim fonksiyonu protein sindirimidir. Mide, hidroklorik asit ve pepsin enzimi içeren mide suyunu salgılayan kaslı bir organdır. Hidroklorik asit, midede bakterileri öldüren ve proteinleri denatüre eden, pepsin tarafından sindirime daha duyarlı hale getiren asidik bir ortam yaratır. Pepsin, proteinleri daha küçük peptitlere parçalayan ve protein sindirim sürecini başlatan bir proteazdır.