1. Ortak immünopresipitasyon (Co-IP) :Co-IP, protein-protein etkileşimlerini incelemek için yaygın olarak kullanılan bir tekniktir. Yem proteinine özgü bir antikor kullanılarak bir hücre lizatından bir proteinin (yem proteini) immünopresipitasyonunu içerir. İmmunopresipitasyona uğramış protein kompleksi daha sonra yem proteini ile etkileşime giren diğer proteinleri (av proteinleri) tanımlamak için analiz edilir. Co-IP, Western blotlama, kütle spektrometresi veya immünofloresan boyama gibi çeşitli aşağı akış analiz yöntemleriyle takip edilebilir.
2. Aşağı Açılan Tahliller :Aşağı çekme analizleri afinite kromatografisi prensibine dayanmaktadır. Bir yem proteini, kovalent bağlanma veya bir etiket (örneğin, GST veya His-etiketi) ile füzyon yoluyla katı bir destek (manyetik boncuklar veya agaroz reçinesi gibi) üzerinde immobilize edilir. Hücre lizatı veya saflaştırılmış protein karışımı daha sonra hareketsizleştirilmiş yem proteini ile inkübe edilir. Bağlanmamış proteinleri uzaklaştırmak için yıkamanın ardından etkileşime giren proteinler (av proteinleri) ayrıştırılır ve analiz edilir.
3. Floresan Rezonans Enerji Transferi (FRET) :FRET, yakın aralıklı iki florofor (verici ve alıcı) arasındaki enerji transferini ölçen bir tekniktir. Verici ve alıcı floroforlar birbirine yakın olduğunda (tipik olarak 10-100 Å dahilinde), donör floroforunun uyarılması, alıcı florofor tarafından ışık emisyonuna neden olur. Bu enerji transferi ölçülebilir ve protein-protein etkileşimlerini izlemek için kullanılabilir. FRET, proteinlerin spesifik floroforlarla etiketlenmesi veya genetik olarak kodlanmış floresan proteinlerin (örn. GFP ve RFP) kullanılması dahil olmak üzere çeşitli şekillerde uygulanabilir.
4. Biyomoleküler Etkileşim Analizi (BIA) :Yüzey plazmon rezonansı (SPR) olarak da bilinen BIA, bir cam slayt ile akan bir sıvının arayüzündeki kırılma indeksindeki değişiklikleri ölçen, etiketsiz bir tekniktir. Etkileşime giren proteinlerden biri cam yüzey üzerinde immobilize edilir, diğer protein ise yüzey üzerinden geçirilir. Proteinler arasındaki etkileşim, kırılma indeksinde tespit edilebilen ve ölçülebilen değişikliklere yol açar. BIA, protein-protein etkileşimlerinin bağlanma afinitesi ve kinetiği hakkında bilgi sağlayabilir.
5. İzotermal Titrasyon Kalorimetrisi (ITC) :ITC, iki molekül arasındaki etkileşimle ilişkili ısı değişimini ölçen bir tekniktir. Proteinler etkileşime girdiğinde ısı ya açığa çıkar (ekzotermik) ya da emilir (endotermik). ITC, protein-protein etkileşimlerinin bağlanma afinitesini (Kd) ve entalpi değişimi (ΔH) ve entropi değişimi (ΔS) gibi termodinamik parametreleri ölçebilir.
6. Protein Etkileşim Dizileri :Protein etkileşimi dizileri, protein-protein etkileşimlerinin bir mikrodizi formatında yüksek verimli taramasını içerir. Binlerce farklı protein veya peptid katı bir yüzey üzerinde hareketsiz hale getirilir ve ilgilenilen spesifik bir proteinin bağlanması, etiketli antikorlar veya diğer tespit yöntemleri kullanılarak tespit edilir. Bu teknik, protein-protein etkileşimlerinin hızlı ve büyük ölçekli analizine olanak tanır.
7. Maya İki Hibrit (Y2H) Testi :Y2H tahlili, maya hücrelerinde protein-protein etkileşimlerini tanımlamak için kullanılan genetik bir yöntemdir. İki proteinin kodlama dizilerinin bir transkripsiyon faktörünün iki farklı alanına kaynaştırılmasını içerir. İki protein etkileşime girerse, transkripsiyon faktörü yeniden oluşturulur ve raportör genin ekspresyonuna yol açar. Pozitif etkileşimler, maya hücrelerinin seçici ortamda veya kolorimetrik analizlerde büyümesine dayanarak tanımlanır.
Protein-protein etkileşimlerini incelemek için yöntemin seçimi, ilgilenilen spesifik proteinlere, reaktiflerin ve ekipmanın mevcudiyetine ve istenen bilgi düzeyine bağlıdır. Bu tekniklerin kombinasyonları, protein-protein etkileşimlerine ilişkin kapsamlı bilgiler elde etmek için de kullanılabilir.