Maddeler endositoz veya fagositoz gibi işlemlerle hücre içine alındığında, endozom adı verilen keseciklerin içinde kalırlar. Bu endozomlar olgunlaştıkça lizozomlarla birleşerek ikincil lizozomlar olarak bilinen daha büyük yapıları oluştururlar. Bu ikincil lizozomlarda, sindirim enzimleri yutulan materyali parçalar ve sonunda onu hücrenin kullanabileceği daha küçük moleküllere dönüştürür.
Lizozomlar ayrıca otofaji adı verilen bir süreçle hasar görmüş veya yıpranmış organellerin uzaklaştırılmasında da rol oynar. Otofaji sırasında hücre zarının bazı kısımları istenmeyen organelleri çevreleyerek otofagozomlar oluşturur. Bu otofagozomlar daha sonra lizozomlarla birleşerek kapalı hücresel bileşenlerin parçalanmasına ve geri dönüşümüne yol açar.
Özetle, lizozomlar, atık maddeleri, besinleri ve yıpranmış organelleri parçalayarak, böylece hücresel homeostaziyi sürdürerek hayvan hücrelerinin hücre içi sindirim sistemi olarak işlev görür.