İnce bağırsağa giren pepsin, ince bağırsağın alkali pH'ı tarafından etkisiz hale getirilir. Pepsin, midenin asidik ortamında en iyi şekilde çalışan asidik bir proteazdır. PH'ı 8 civarında olan ince bağırsağa girdiğinde aktivitesini kaybeder ve artık proteinleri parçalayamaz. Pankreas aynı zamanda ince bağırsağa bikarbonat iyonları da salgılar, bu da asidik kimusun nötralize edilmesine ve pankreatik proteazlar ve lipazlar gibi diğer sindirim enzimleri için daha uygun bir ortam yaratılmasına yardımcı olur.