Protein sindiriminin son ürünleri amino asitlerdir. Proteinler amino asit zincirlerinden oluşan büyük moleküllerdir. Sindirim sırasında bu proteinler pepsin, trypsin ve kimotripsin gibi enzimler tarafından giderek daha küçük peptitlere parçalanır. Bu peptitler daha sonra karboksipeptidazlar ve aminopeptidazlar gibi enzimler tarafından ayrı ayrı amino asitlere parçalanır. Bu amino asitler daha sonra kan dolaşımına emilir ve yeni proteinlerin veya diğer moleküllerin sentezlenmesinde kullanılabilir veya enerji üretmek için daha fazla parçalanabilirler.