Lizozomların içindeki enzimler, aşağıdakiler de dahil olmak üzere çok çeşitli biyomolekülleri sindirir:
- Proteinler
- Karbonhidratlar
- Lipitler
- Nükleik asitler
Lizozomlar ayrıca hücre zarlarını ve diğer hücresel yapıları parçalayabilen enzimler içerir. Bu, lizozomların hücre ölümü ve geri dönüşümünde rol oynamasına izin verir.