E. coli çeşitli yırtıcı hayvanlar tarafından tüketilir ve sindirim sırasında yok edilebilir; özellikle Lactobacillus ve Bifidobacterium'un belirli türleri gibi insan bağırsak kanalındaki faydalı bakteri popülasyonlarının yanı sıra bakterileri enfekte eden ve yok eden virüsler olan bakteriyofajlar tarafından yok edilebilir.