Sindirimin üçüncü aşaması, gıdanın ince bağırsağa girmesiyle başlayan emilimdir. İnce bağırsak, besinlerin besinlerden emilmesinin çoğunun sorumlusu olan uzun, sarmal bir tüptür. İnce bağırsağın duvarları, bağırsağın yüzey alanını artıran ve besinlerin emilmesine yardımcı olan parmak benzeri çıkıntılar olan minik villuslarla kaplıdır. Villuslar, bağırsağın yüzey alanını daha da artıran daha da küçük çıkıntılar olan mikrovilluslarla kaplıdır.
Besinlerin besinlerden emilmesi aktif taşıma adı verilen bir süreçle gerçekleşir. Aktif taşıma, besin maddelerinin ince bağırsağın lümeninden kan dolaşımına taşınması için ATP formunda enerji gerektirir. İnce bağırsakta emilen besinlerin bazıları arasında karbonhidratlar, proteinler, yağlar, vitaminler ve mineraller bulunur.