Marfan sendromunun yaşamı tehdit eden birincil komplikasyonu aort komplikasyonları, özellikle aort diseksiyonudur. Aort diseksiyonu, kanı kalpten vücudun geri kalanına taşıyan ana arter olan aortun iç tabakasında bir yırtık oluştuğunda meydana gelir. Marfan sendromlu bireylerde, bağ dokusuna güç sağlayan bir protein olan fibrillin üretimini etkileyen genetik bozukluk nedeniyle aort dokusu zayıflamıştır. Bu zayıflık onları, derhal tedavi edilmezse ölümcül olabilecek aort diseksiyonuna karşı daha duyarlı hale getirir.
Aort diseksiyonu riski yaşla birlikte artar ve Marfan sendromlu kişilerde önde gelen ölüm nedenidir. Aortun erken tespiti ve yakından izlenmesi, ilaç tedavisi ve düzenli gözetim gibi önleyici tedbirlerin yanı sıra aort diseksiyonu riskinin azaltılmasına ve genel yaşam süresinin uzatılmasına yardımcı olabilir. Ancak bu müdahalelere rağmen Marfan sendromlu bireylerde zayıflamış aort dokusu hala daha yüksek komplikasyon ve yaşamı tehdit eden olay riski taşımaktadır.