İnce bağırsakta pankreatik amilaz, nişastaları maltoz, sakkaroz ve laktoz gibi disakkaritlere parçalamaya devam eder. Bu disakkaritler daha sonra maltaz, sükraz ve laktaz gibi spesifik enzimler tarafından glikoz, fruktoz ve galaktoz gibi monosakkaritlere parçalanır.
Monosakkaritler daha sonra ince bağırsağın duvarlarından emilir ve karaciğere taşınır. Karaciğer, monosakaritlerin bir kısmını depolamak için glikojene dönüştürür, geri kalanı ise enerji için kullanılmak veya yağ olarak depolanmak üzere kan dolaşımına salınır.
Sindirilmemiş karbonhidratlar kalın bağırsağa ulaşırsa bakteriler tarafından fermente edilebilir ve hidrojen, karbondioksit ve metan gibi gazlar üretilebilir. Bu fermantasyon süreci şişkinliğe, gaza ve rahatsızlığa yol açabilir.