UPEC, İYE'lerin en yaygın nedeni olsa da, bu spesifik virülans faktörlerini içermeyen diğer E. coli suşları da zaman zaman İYE'lere neden olabilir. Üropatojenik olmayan bu E. coli suşları, bağışıklık sistemi zayıf olan veya normal idrar yolu savunmasını değiştiren altta yatan rahatsızlıkları olan kişilerde İYE'ye neden olabilir.
Bu nedenle İYE'ye neden olan tüm E. coli suşları üropatojenik olarak sınıflandırılamaz. Yalnızca spesifik virülans faktörlerine sahip olan ve sağlıklı bireylerde İYE'ye neden olabilen suşlar üropatojenik E. coli olarak kabul edilir.