Çevresel faktörler: Çevre, bir genin ifade edilip edilmemesinde rol oynayabilir. Örneğin, belirli genler yalnızca sıcaklık veya ışık gibi belirli çevresel koşullara yanıt olarak ifade edilebilir.
Epigenetik değişiklikler: Epigenetik modifikasyonlar, DNA dizisinde değişiklik gerektirmeyen, DNA yapısında yapılan değişikliklerdir. Bu değişiklikler gen ifadesini etkileyebilir ve bir nesilden diğerine aktarılabilir.
Genetik değiştiriciler: Genetik değiştiriciler, diğer genlerin ifadesini etkileyebilen genlerdir. Örneğin bir genetik değiştirici, bir genin ifadesini artırabilir veya azaltabilir ya da gen ifadesinin zamanlamasını değiştirebilir.
Gen dozajı: Gen dozajı, bir organizmanın sahip olduğu bir genin kopya sayısını ifade eder. Bazı durumlarda eksik penetrasyon, gen dozajının eksikliğinden kaynaklanabilir. Örneğin, belirli bir fenotip için bir gen gerekliyse ve organizmada genin yalnızca bir kopyası varsa fenotip ifade edilemeyebilir.
Eksik penetrasyon, belirli bir özelliğin genetiğini incelemeyi zorlaştırabilir. Ayrıca bir bireyin genotipine göre fenotipini tahmin etmeyi de zorlaştırabilir.