Uyku migrenleri genellikle uyku sırasında beyinde meydana gelen değişikliklerden kaynaklanır. Bu değişiklikler yüzdeki duyulardan sorumlu olan trigeminal sinirdeki aktivite artışlarını içerebilir. Ayrıca beyindeki serotonin ve diğer nörotransmiterlerin seviyelerindeki değişikliklerden de kaynaklanabilirler.
Uyku migreni, ağrı kesiciler, antiinflamatuar ilaçlar ve antiepileptik ilaçlar dahil olmak üzere çeşitli ilaçlarla tedavi edilebilir. Belirli tetikleyicilerden kaçınmak ve sağlıklı bir uyku programını sürdürmek gibi yaşam tarzı değişiklikleri de uyku migreni riskini azaltmaya yardımcı olabilir.