Spina bifida ile ilişkili genler 1, 6 ve 13. kromozomlarda bulunur. Bu genler nöral tüpün gelişiminden sorumludur. Bu genlerdeki mutasyonlar nöral tüpün normal gelişimini bozarak spina bifidaya yol açabilir.
Genetik faktörlerin yanı sıra folik asit eksikliği, obezite, diyabet gibi çevresel faktörler de spina bifida riskini artırabilmektedir. Folik asit, nöral tüpün düzgün gelişimi için gerekli olan bir vitamindir. Folik asit eksikliği spina bifida riskini %70'e kadar artırabilir. Obezite ve diyabet aynı zamanda spina bifida riskinin artmasıyla da ilişkilidir.