Sektörel heterokrominin en yaygın nedeni genetik mutasyondur. Bu mutasyon OCA2 veya SLC24A4 geninde meydana gelebilir. OCA2 geni, melaninin irise taşınmasına yardımcı olan bir proteinin üretilmesinden sorumludur. SLC24A4 geni, iristeki melanin miktarını düzenlemeye yardımcı olan bir proteinin üretilmesinden sorumludur. Bu genlerden herhangi biri mutasyona uğradığında, irisin farklı sektörlerindeki melanin miktarında farklılığa yol açarak sektörel heterokromiye neden olabilir.
Sektörel heterokrominin diğer nedenleri şunlardır:
* Travma: Gözde meydana gelen bir yaralanma irise zarar verebilir ve irisin farklı sektörlerindeki melanin miktarında farklılığa yol açabilir.
* Enfeksiyonlar: İris gibi göz enfeksiyonları da irise zarar vererek sektörel heterokromiye yol açabilir.
* Bazı ilaçlar: Prostaglandin analogları gibi bazı ilaçlar iristeki melanin miktarında değişikliklere neden olarak sektörel heterokromiye yol açabilir.
* Glokom: Glokomlu kişilerin sektörel heterokromi geliştirme olasılığı daha yüksektir. Bunun nedeni glokomun optik sinire zarar vermesi ve bunun da iristeki melanin miktarında değişikliklere yol açabilmesidir.