Difteri aşısı difteriye neden olmaz ancak yan etkilere neden olabilir. Difteri aşısının yan etkileri, enjeksiyon bölgesinde ağrı, şişlik ve kızarıklığın yanı sıra ateş, baş ağrısı ve kas ağrılarını da içerebilir. Bu yan etkiler genellikle hafiftir ve birkaç gün içinde kaybolur. Nadir durumlarda difteri aşısı anafilaksi adı verilen ciddi bir alerjik reaksiyona neden olabilir. Bu yaşamı tehdit edebilecek tıbbi bir acil durumdur. Nefes almada zorluk, yüzde veya boğazda şişme veya kurdeşen gibi anafilaksi belirtileri yaşarsanız derhal tıbbi yardım almalısınız.