Antijen işlemedeki ilk adım, antijenlerin APC'ler tarafından alınmasıdır. APC'ler dendritik hücreler, makrofajlar ve B hücreleri gibi profesyonel APC'ler veya epitel hücreleri ve endotel hücreleri gibi profesyonel olmayan APC'ler olabilir. Profesyonel APC'ler, antijenleri alma ve işleme konusunda profesyonel olmayan APC'lere göre daha verimlidir.
Antijen APC tarafından alındıktan sonra proteazlar, katepsinler ve lizozomal enzimler dahil çeşitli enzimler tarafından daha küçük parçalara işlenir. Bu fragmanlar daha sonra majör doku uyumluluk kompleksi (MHC) molekülleri ile kompleks haline getirilir ve hücre yüzeyine taşınır.
MHC molekülleri vücuttaki tüm hücreler tarafından ifade edilen hücre yüzeyi proteinleridir. Her birey, ebeveynlerinden miras alınan benzersiz bir MHC molekülleri setine sahiptir. MHC molekülleri, T hücrelerinin yüzeyindeki spesifik T hücresi reseptörlerine (TCR'ler) bağlanır. Bir antijen, bir MHC molekülü ile kompleks halinde hücre yüzeyinde sunulduğunda, bir T hücresi üzerindeki bir TCR tarafından tanınabilir. Bu etkileşim, daha sonra çoğalabilen ve efektör T hücrelerine farklılaşabilen T hücresinin aktivasyonunu tetikler.
Efektör T hücreleri daha sonra enfekte olmuş hücreleri öldürebilir, diğer bağışıklık hücrelerinin enfeksiyonla savaşmasına yardımcı olmak için sitokinler üretebilir veya antijene karşı uzun süreli bağışıklık sağlayabilen T hücrelerinin hafızasına yardımcı olabilir.
Antijenin işlenmesi ve sunulması, adaptif immün yanıt için karmaşık ve önemli bir süreçtir. Bağışıklık sisteminin çok çeşitli patojenleri tanımasını ve bunlara yanıt vermesini sağlar.