Karaciğerin koyu kırmızı rengi esas olarak organ içindeki kan damarlarında yüksek konsantrasyonda hemoglobin varlığına atfedilir. Hemoglobin, kırmızı kan hücrelerinde oksijeni taşıyan proteindir. Kan oksijenlendiğinde (oksijeni akciğerlerden vücut dokularına taşıdığında) parlak kırmızı görünür. Bununla birlikte, karaciğerdeki çeşitli metabolik süreçler sırasında oksijen tükendiğinden karaciğerdeki kan kısmen deoksijene olur (hemoglobin azalır). Azalan hemoglobin daha fazla kırmızı ve sarı ışığı emer ve ona daha koyu kırmızımsı kahverengi bir renk verir. Bu nedenle karaciğer diğer organlara göre daha koyu bir görünüme sahiptir.