Karaciğerde kolesterolden sentezlenen safra tuzları, yağların daha küçük damlacıklara parçalanmasına yardımcı olan emülsifiye edici maddeler görevi görerek bunların ince bağırsakta sindirimini ve emilimini kolaylaştırır. Fosfolipitler safra tuzlarını stabilize eder ve safranın akışkanlığının korunmasına yardımcı olur. Kolesterol, aşırı miktarda bulunması durumunda safra taşı oluşumuna katkıda bulunabilen safranın bir bileşenidir. Eski veya hasar görmüş kırmızı kan hücrelerinin parçalanmasıyla elde edilen bilirubin safraya atılır ve safraya karakteristik sarı-yeşil rengini verir.
Safra hepatositler tarafından üretildikten sonra safra kanaliküllerinden safra kanallarına akar. Safra kanalları birleşerek daha büyük kanalları oluşturur ve sonunda safranın depolandığı ve yoğunlaştığı safra kesesine ulaşır. İhtiyaç duyulduğunda safra kesesi kasılır ve konsantre safrayı ortak safra kanalı yoluyla ince bağırsağa salar.