Bir teori, narkolepsinin bir otoimmün bozukluk olabileceği yönündedir. Otoimmün bozukluklarda, bağışıklık sistemi yanlışlıkla kendi vücudunun dokularına saldırır ve onlara zarar verir. Narkolepsi durumunda, bağışıklık sisteminin, beynin uyku-uyanıklık döngüsünün düzenlenmesinde çok önemli bir rol oynayan hipotalamus bölgesindeki hücrelere saldırıp onları yok edebileceği düşünülmektedir. Bu hasar, uyanıklığın desteklenmesinde rol oynayan hipokretin (orexin olarak da bilinir) adı verilen kimyasal habercinin eksikliğine yol açabilir.
Bir dizi gözlem narkolepsinin otoimmün bir durum olabileceği teorisini desteklemektedir:
1. Genetik faktörler: Bazı genetik belirteçlerin, özellikle de insan lökosit antijeni (HLA) kompleksiyle ilişkili olanların, narkolepsisi olan kişilerde daha yaygın olduğu bulunmuştur. HLA genleri bağışıklık sisteminin işleyişinde rol oynar.
2. Diğer otoimmün bozukluklarla ilişki: Narkolepsisi olan kişilerde tip 1 diyabet, romatoid artrit ve çölyak hastalığı gibi diğer otoimmün bozuklukların gelişme riski yüksektir.
3. Bağışıklık sistemi anormallikleri: Çalışmalar, narkolepsi hastalarının bağışıklık sistemlerinde, artan inflamatuar belirteç seviyeleri de dahil olmak üzere bazı anormalliklerin olabileceğini bulmuştur.
4. İmmunoterapiye yanıt: Bazı çalışmalar narkolepsinin, bağışıklık sistemini modüle eden bir tedavi yaklaşımı olan immünoterapiye yanıt verebileceğini ileri sürmektedir.
Ancak narkolepsinin otoimmün bir hastalık olduğuna dair kanıtların hala yetersiz olduğunu belirtmek önemlidir. Bu durumun nedenlerini tam olarak anlamak ve bağışıklık sisteminin gelişimindeki rolünü belirlemek için daha fazla araştırmaya ihtiyaç vardır.