Cinsiyet hoşnutsuzluğunun prevalansı, çalışılan popülasyona ve tanı için kullanılan kriterlere bağlı olarak değişir. Amerikan Tabipler Birliği Psikiyatri Dergisi'nde 2016 yılında yayınlanan bir araştırmaya göre, Amerika Birleşik Devletleri'ndeki yetişkinler arasında cinsiyet hoşnutsuzluğunun tahmini yaygınlığı %0,6 veya yaklaşık 1,4 milyon kişidir. Bununla birlikte, bu çalışmanın yalnızca cinsiyet hoşnutsuzluğu tedavisi gören bireyleri kapsadığını, dolayısıyla gerçek prevalansın daha yüksek olabileceğini belirtmek önemlidir.
Diğer çalışmalar ergenler ve çocuklar arasında benzer cinsiyet hoşnutsuzluğu oranları bulmuştur. Pediatrics dergisinde 2017 yılında yayınlanan bir araştırma, transgender ergenler arasında cinsiyet hoşnutsuzluğunun yaygınlığının %1,8 veya Amerika Birleşik Devletleri'nde yaklaşık 150.000 kişi olduğunu ortaya çıkardı.
Bu tahminlerin, taraflılık ve eksik raporlamaya maruz kalabilecek, kişilerin bildirdiği verilere dayandığını unutmamak önemlidir. Ek olarak, cinsiyet hoşnutsuzluğunun yaygınlığı farklı kültürlere, ülkelere ve zaman dilimlerine göre değişiklik gösterebilir.