Latent dönemde virüs herhangi bir belirtiye neden olmadan vücutta bulunur ancak yine de yeniden aktivasyon potansiyelini korur. Latent periyodun uzunluğu, virüsün türüne bağlı olarak birkaç haftadan birkaç yıla kadar değişebilir. Bu aşamada viral genom mevcuttur ancak konakçı hücreler içinde hareketsiz kalır ve esas olarak belirli doku veya organlarda bulunur. Bağışıklık sistemi gizli virüsün farkında olmayabilir veya tamamen yok edemeyebilir, bu da onun vücutta kalıcı olmasına neden olabilir. Viral reaktivasyonu tetikleyen faktörler arasında stres, yaşlanma veya immünosupresif koşullar nedeniyle zayıflamış immün yanıtlar yer alabilir ve bu da aktif enfeksiyonun yeniden ortaya çıkmasına neden olabilir.