Midede bulunan oldukça asidik bir çözelti olan mide asidi, öncelikle parçalanmak üzere proteinleri hedef alır. Canlı organizmaların temel bileşenleri olan proteinler, peptit bağlarıyla birbirine bağlanan amino asitlerden oluşan büyük biyomoleküllerdir. Hidroklorik asit (HCl) salgılanmasıyla oluşan mide asidinin yüksek asidik ortamı, proteinleri denatüre ederek yapısal bütünlüğünü bozar. Bu, protein yapısını zayıflatır ve daha sonra bunların proteazlar olarak bilinen enzimler tarafından daha küçük parçalara bölünmesine olanak tanır. Proteazlar, peptit bağlarını hidrolize ederek etki gösterir, böylece proteinlerin ayrı ayrı amino asitlere veya küçük peptitlere sindirimini kolaylaştırır. Ortaya çıkan bu daha küçük moleküller daha sonra sindirim sistemi boyunca kolayca emilebilir.