Pepsin midede üretilen bir enzimdir. Proteinlerin daha küçük peptidlere parçalanmasından sorumludur. Pepsin midenin asidik ortamında en aktiftir. Midenin pH'ı tipik olarak 1 ile 2 arasındadır. Pepsinin midede bu kadar etkili çalışabilmesinin nedeni budur.
Midenin pH'ı çok yükselirse pepsin düzgün çalışamayacaktır. Bu, midenin yeterince hidroklorik asit üretmediği bir durum olan hipoklorhidri adı verilen bir duruma yol açabilir. Hipoklorhidri hazımsızlık, malabsorbsiyon ve bakteriyel aşırı çoğalma gibi bir dizi soruna yol açabilir.