Gastrotrikler öncelikle çevrelerinde bulunan mikroorganizmalar ve organik maddelerle beslenirler. Diyetleri belirli türlere ve çevre koşullarına bağlı olarak değişebilir. Gastrotriklerin ana besin kaynakları şunlardır:
1. Diyatomlar :Diatomlar karmaşık silika kabukları içine alınmış tek hücreli alglerdir. Özellikle diatomlar açısından zengin deniz ve tatlı su ortamlarında yaşayan türler için gastrotrik beslenmenin önemli bir bölümünü oluştururlar.
2. Tekhücreliler :Gastrotrich'ler siliatlar, flagellatlar ve amipler de dahil olmak üzere çeşitli protozoaları aktif olarak avlar. Özel ağız yapılarını ve kaslı farenkslerini kullanarak bu protistleri yakalayıp yutuyorlar.
3. Bakteriler :Birçok gastrotrik tür, hem deniz hem de tatlı su ekosistemlerinde her yerde bulunan bakterilerle beslenir. Bakteriler, özellikle organik açıdan zengin çökeltilerde ve biyofilmlerde yaşayan gastrotrikler için önemli bir besin kaynağı görevi görür.
4. Mikroalgler :Bazı gastrotrikler, tek hücreli yeşil algler ve diğer küçük fotosentetik organizmalar dahil olmak üzere mikroalgleri tüketir. Mikroalgler bu mikroskobik avcılara gerekli besinleri ve enerjiyi sağlar.
5. Organik Kalıntı :Gastrotrich'lerin, su ortamlarında bulunan çürüyen bitki ve hayvan artıklarını ifade eden organik döküntülerle beslendikleri bilinmektedir. Organik materyali parçalayarak ekosistemlerdeki besin geri dönüşümünde çok önemli bir rol oynarlar.
6. Nematodlar :Daha az yaygın olmakla birlikte, bazı gastrotrikler zaman zaman çeşitli su habitatlarında bulunan mikroskobik yuvarlak kurtlar olan nematodlarla beslenebilir.
Gastrotriklerin beslenme stratejilerinin, onların özel vücut adaptasyonlarına ve habitat tercihlerine göre değişebileceğini belirtmekte fayda var. Bazı türler özel beslenme mekanizmaları sergileyebilir veya ekolojik ortamlarına bağlı olarak belirli besin kaynaklarını hedef alabilir.