Pepsin sindirim sisteminde şu şekilde çalışır:
1. Etkinleştirme :Pepsin, pepsinojen adı verilen aktif olmayan bir öncü olarak üretilir. Besin mideye girdiğinde asidik ortam (pH'sı 1-2 civarında) pepsinojenin aktif pepsine dönüşmesini tetikler.
2. Optimal pH :Pepsin yüksek asidik ortamda en iyi şekilde çalışır. Midedeki düşük pH, aktivitesi için en uygun koşulları yaratır.
3. Protein Sindirimi :Pepsin midede proteinlerin sindirimini başlatır. Proteinlerdeki, özellikle aromatik amino asitleri (fenilalanin, tirozin ve triptofan gibi) ve asidik amino asitleri (aspartat ve glutamat gibi) içeren peptit bağlarını parçalar.
4. Proteoliz :Pepsin, peptid bağlarının hidrolizini katalize ederek proteinlerin daha küçük peptidlere parçalanmasına yol açar. Bu peptitler daha sonra ince bağırsaktaki trypsin, kimotripsin ve elastaz gibi diğer sindirim enzimleri tarafından daha da parçalanır.
5. Mide Ortamı :Midenin asidik ortamı, hidroklorik asitin varlığıyla birlikte, pepsinin en iyi şekilde çalışması için ideal bir ortam sağlar. Asidik pH, proteinlerin denatüre olmasına yardımcı olarak onları pepsinin enzimatik aktivitesine daha kolay erişilir hale getirir.
6. İnce Bağırsaklara Geçiş :Kimus adı verilen mide içeriği mideyi terk edip ince bağırsağa girdiğinde pH yükselir, bu da pepsinin inaktivasyonunun sinyalini verir. İnce bağırsaktaki alkalin ortam, pankreas tarafından üretilenler gibi diğer sindirim enzimlerinin aktivitesini kolaylaştırır.
Genel olarak pepsin, midenin asidik ortamında protein sindiriminin başlatılmasında çok önemlidir. Proteinleri daha küçük peptitlere böler ve bunlar ince bağırsaktaki daha sonraki enzimler tarafından daha fazla işlenebilir ve vücudun diyetteki temel amino asitleri emmesine ve kullanmasına olanak tanır.