Protein sindiriminin son ürünleri amino asitlerdir. Proteinler amino asit zincirlerinden oluşan büyük moleküllerdir. Sindirim sırasında bu proteinler, proteaz adı verilen enzimler tarafından giderek daha küçük peptitlere parçalanır. Bu peptitler daha sonra peptidaz adı verilen diğer enzimler tarafından ayrı ayrı amino asitlere parçalanır. Amino asitler daha sonra kan dolaşımına emilir ve vücut tarafından yeni proteinler oluşturmak veya diğer metabolik süreçler için kullanılır.