Protein emiliminin çoğunluğu ince bağırsakta gerçekleşir . Proteinler midede kısmen sindirildikten ve daha küçük peptitlere parçalandıktan sonra, emilimlerinin birincil yeri olan ince bağırsağa girerler. İnce bağırsağın iç astarı, emilim için mevcut yüzey alanını artıran villus adı verilen çok sayıda parmak benzeri çıkıntı içerir. Villusun yüzeyinde yer alan enterosit adı verilen özel hücreler, proteinlerin bağırsak bariyerini geçerek kan dolaşımına emilmesinden ve taşınmasından sorumludur. Bu enterositler, proteinlerin yapı taşları olan amino asitlerin alımını ve işlenmesini kolaylaştıran spesifik taşıma proteinlerine ve enzimlere sahiptir.