Genellikle bağırsak mikrobiyotası veya bağırsak florası olarak adlandırılan faydalı bakteriler, kolonda karmaşık bir ekosistem oluşturur. Biyofilm olarak bilinen toplulukları oluşturarak bağırsak astarına yapışarak bulunabilirler. Diğer bakteri grupları bağırsak lümeninde serbestçe yüzebilir.
Her birey, diyet, ilaç tedavisi, yaşam tarzı ve sağlık gibi faktörlere bağlı olarak zamanla değişebilen benzersiz bir bağırsak mikrobiyotası bileşimine sahiptir. Çeşitli ve dengeli bir bağırsak mikrobiyotasının korunması, genel refah için çok önemlidir. Bu faydalı bakteriler sindirimin, besin emiliminin, bağışıklık fonksiyonunun ve zararlı patojenlere karşı korunmanın çeşitli yönlerinde hayati roller oynar.