Yiyecek mideyi terk edip ince bağırsağa girdiğinde pankreas, pankreas proteazları adı verilen, aralarında trypsin, kimotripsin ve elastazın da bulunduğu enzimleri salgılar. Bu enzimler ayrıca peptidleri daha küçük amino asitlere ve dipeptitlere parçalar.
İnce bağırsak ayrıca dipeptitlerin ayrı ayrı amino asitlere parçalanmasına yardımcı olan peptidaz adı verilen enzimleri de salgılar. Bu amino asitler daha sonra bağırsak hücreleri tarafından emilir ve vücutta taşınır.