Aşağıdaki faktörler üçüncü kranyal sinir felcinin prognozunu etkileyebilir:
* Felç nedeni
* Felç şiddeti
* Felç süresi
* Hastanın yaşı ve genel sağlık durumu
Viral bir enfeksiyon gibi geçici bir durumun neden olduğu üçüncü kranyal sinir felcinin, tümör gibi yapısal bir anormalliğin neden olduğu felce göre kendiliğinden düzelme olasılığı daha yüksektir. Hafif felcin şiddetli felce göre kendiliğinden düzelme olasılığı daha yüksektir. Daha uzun süren felcin kendiliğinden düzelme olasılığı daha düşüktür. Yaşlı hastalar ve genel sağlık durumu kötü olan hastaların, üçüncü kranyal sinir felcinin kendiliğinden düzelmesi olasılığı da daha düşüktür.
Üçüncü kranyal sinir felcinin tedavisi tipik olarak altta yatan nedene yöneliktir. Bazı durumlarda yapısal bir anormalliğin düzeltilmesi için ameliyat gerekli olabilir. Diğer durumlarda, felç semptomlarını iyileştirmek için ilaçlar veya fizik tedavi kullanılabilir.