BT beyin taramaları migren tanısında rutin olarak kullanılmasa da baş ağrısının diğer potansiyel nedenlerini (kanama, tümörler veya diğer yapısal anormallikler) dışlamada yardımcı olabilir. Bazı durumlarda, migren semptomları şiddetli veya atipik ise, yeni veya ilerleyici nörolojik semptomlar varsa veya altta yatan potansiyel yapısal anormalliklerle ilgili endişeler varsa BT beyin taraması istenebilir. Ek olarak BT beyin taramaları, serebral venöz tromboz veya posterior geri dönüşümlü ensefalopati sendromu (PRES) gibi migren komplikasyonlarının değerlendirilmesinde yararlı olabilir.