Gastroözofageal reflü hastalığında (GERD), arıza, mide ile yemek borusu arasında tek yönlü bir valf olarak düzgün şekilde işlev göremeyen alt özofagus sfinkterinde (LES) yatmaktadır. LES, normalde yiyecek ve içeceklerin mideye geçmesine izin vermek için açılan ve daha sonra mide içeriğinin yemek borusuna geri akışını önlemek için kapanan dairesel bir kastır.
GERD'li bireylerde LES ya zayıflar ya da uygunsuz şekilde gevşer, mide asidinin ve diğer içeriğin yemek borusuna geri sızmasına neden olur. Mideden gelen asit, yemek borusunun iç yüzeyini tahriş eder, bazen tekrarlanan geri akış nedeniyle uzun sürelere yayılır ve bu durumla birlikte gelen semptom yelpazesine ve ilgili sorunlara katkıda bulunur.