Örneğin, hücre bölünmesinde görev alan bir proteini kodlayan bir gendeki mutasyon, organizmanın boyutunda veya şeklinde değişikliklere yol açabilir. Bağışıklık sisteminde yer alan bir proteini kodlayan bir gendeki mutasyon, organizmayı enfeksiyona karşı daha duyarlı hale getirebilir. Metabolizmayla ilgili bir proteini kodlayan gendeki bir mutasyon, organizmanın kilosunda veya enerji düzeyinde değişikliklere yol açabilir.
Mutasyonların ayrıca organizmanın gözlerinin veya saçlarının renginin değişmesi gibi daha ince etkileri de olabilir. Bazı durumlarda, örneğin bir hastalığa karşı direnç kazandırdıkları durumlarda mutasyonlar yararlı bile olabilir.
Mutasyonların özellikler üzerindeki etkileri karmaşık ve öngörülemez olabilir ve organizmaya ve mutasyona uğrayan spesifik gene bağlı olarak değişebilir.