Otoimmün hastalıklarda bağışıklık sistemi yanlışlıkla vücudun kendi dokularına saldırır. Bu iltihaplanmaya ve çeşitli organ ve dokularda hasara yol açabilir. Otoimmün hastalıklar arasında romatoid artrit, lupus ve multipl skleroz gibi durumlar bulunur.
Bu nedenle alerjik reaksiyonlar ve otoimmün hastalıklar, bağışıklık sisteminin farklı tepkileridir. Her ikisi de bağışıklık tepkilerini içerse de, bağışıklık saldırısının hedefi (yabancı maddelere karşı kendi dokuları) ve ortaya çıkan semptomlar ve koşullar açısından farklılık gösterir.