Vücut yabancı olan her şeyi antijen olarak algılar. Buna bakteriler, virüsler, mantarlar, parazitler ve hatta vücudumuzdaki bazı hücre türleri de dahildir. Temel olarak bağışıklık sisteminin kendinden olmayan olarak tanıdığı her şey bir antijen olarak kabul edilir.