H1N1 aşısının yan etkilerinin çoğu, enjeksiyon bölgesinde ağrı, kızarıklık veya şişlik, hafif ateş, baş ağrısı, kas ağrıları, yorgunluk ve mide bulantısı gibi hafiftir. Bunlar genellikle birkaç gün sürer. Guillain-Barré sendromu gibi daha ciddi yan etkiler çok nadirdir.