Otoimmün eksikliklerin tedavisi yoktur ancak semptomları yönetmek ve komplikasyonları önlemek mümkündür. Otoimmün eksikliklerin tedavisi tipik olarak bağışıklık sistemini baskılayan ve iltihabı azaltan ilaçları içerir. Bu ilaçlar hastalığın ilerlemesini yavaşlatabilir ve semptomların yönetilmesine yardımcı olabilir.
Bazı durumlarda hasarlı organ veya dokuların çıkarılması için ameliyat gerekli olabilir. Sağlıklı beslenmek, düzenli egzersiz yapmak ve stresten kaçınmak gibi yaşam tarzı değişiklikleri de otoimmün yetmezlik semptomlarının yönetilmesine yardımcı olabilir.
Bir otoimmün eksiklik kişinin yaşamını önemli ölçüde etkileyebilir, ancak bir otoimmün eksiklikle dolu ve mutlu bir hayat yaşamak mümkündür. Uygun tedavi ve yönetim ile otoimmün yetmezlikleri olan kişiler iyi bir yaşam kalitesine sahip olabilirler.