Midede bulunan ve proteinlerin sindirimine yardımcı olan enzime pepsin denir. Pepsin, aktif olmayan pepsinojen formunda salgılanır ve daha sonra midenin asidik ortamında hidroklorik asit tarafından aktive edilir. Pepsin, asidik koşullarda en iyi şekilde çalışır ve proteinleri daha küçük peptit parçalarına bölerek onları ince bağırsaktaki diğer enzimler tarafından daha ileri sindirime hazırlar.