Tıbbi uygulamada, bir hastada enfeksiyonu düşündüren semptomlar ortaya çıktığında ancak sorumlu spesifik patojen belirlenemediğinde ampirik antibiyotik tedavisine başlanır. Genellikle farklı ilaçların bir kombinasyonu olan antibiyotiklerin seçimi, aşağıdakiler de dahil olmak üzere çeşitli faktörlere göre yönlendirilir:
1. Hastanın semptomlarına, klinik görünümüne ve şüphelenilen enfeksiyon kaynağına (örn. toplum kökenli pnömoni, idrar yolu enfeksiyonu, karın içi enfeksiyon) bağlı olarak en olası şüpheli patojenler.
2. Yerel epidemiyoloji ve coğrafi bölgedeki bazı dirençli organizmaların yaygınlığı.
3. Bilinen alerjiler veya önceki enfeksiyonların yanı sıra antibiyotik seçimini etkileyebilecek altta yatan koşullar da dahil olmak üzere hastanın tıbbi geçmişi.
4. Enfeksiyonun ciddiyeti ve hastanın yatarak mı yoksa ayakta tedavi gerektirip gerektirmediği.
Ampirik antibiyotik rejimi, mevcut bilgilere dayanarak en olası patojenleri kapsamayı amaçlamaktadır. Başlangıçta geniş spektrumlu, yani çok çeşitli mikroorganizmalara karşı etkili olan antibiyotikler yaygın olarak kullanılır.
Etken patojen laboratuvar testleri veya kültürler yoluyla belirlendiğinde ampirik antibiyotik rejimi hedefe yönelik tedaviye ayarlanabilir. Bu uygulama, hastanın spesifik enfeksiyonu için en uygun antibiyotiği almasını sağlamaya yardımcı olarak antimikrobiyal direnç riskini ve olası olumsuz etkileri azaltır.