1. Boyut: Genellikle aygır kafatasları kısrak kafataslarından daha büyük ve daha sağlam olma eğilimindedir. Aygırlarda daha belirgin ve geniş bir kafatası bulunurken, kısraklarda daha dar ve daha rafine bir kafatası yapısı bulunur.
2. Ön Kemik: Kafatasının ön kısmında yer alan ön kemik genellikle aygırlarda kısraklara göre daha belirgin ve daha geniştir. Bu kemik, erkek ve dişi at kafatasları arasındaki genel şekil ve boyut farklılıklarına katkıda bulunur.
3. Mandibula: Mandibula veya alt çene kemiği de farklılıklar gösterebilir. Aygırların alt çenesi genellikle daha belirgin ve kare şeklindeyken, kısrakların alt çenesi daha ince ve oval şekillidir.
4. Dişler: Erkek ve dişi atlar arasında dişlerin boyutu ve şekli açısından ince farklılıklar olabilir. Aygırların dişleri daha büyük ve sağlamdır, özellikle de erkeklerde daha belirgin olan köpek dişleri vardır.
5. Yörünge Sırtları: Göz yuvalarının üst sınırını oluşturan yörünge çıkıntıları aygırlarda genellikle daha belirgin ve belirgindir. Bu, aygırlara kısraklara kıyasla daha sağlam bir görünüm kazandırabilir.
Bu farklılıkların mutlak olmadığını ve atlar arasında farklılık gösterebileceğini unutmamak önemlidir. Ancak bu genel gözlemler, erkek ve dişi at kafataslarının anatomik özelliklerine göre ayırt edilmesine yardımcı olabilir.