Yan Ürün Birikimi :Anaerobik solunum sırasında glikozun eksik parçalanması, laktik asit (yoğun egzersiz sırasında kaslarda) veya etanol (fermantasyon sırasında mayada) gibi atık ürünlerin birikmesine yol açar. Bu yan ürünler hücresel işlevi olumsuz etkileyebilir ve bunların ortadan kaldırılması veya dönüştürülmesi için ek enerji gerekebilir.
Daha Düşük Enerji Verimi :Aerobik solunumla karşılaştırıldığında, anaerobik solunum önemli ölçüde daha düşük miktarda adenozin trifosfat (ATP) üretir. Bunun nedeni, glikozun eksik parçalanmasının, aerobik solunumdaki tam parçalanmaya kıyasla glikoz molekülü başına daha az ATP molekülü üretmesidir.
Sınırlı Süre :Anaerobik solunum bir organizmayı yalnızca sınırlı bir süre boyunca ayakta tutabilir. Atık ürünlerin birikmesi ve enerji rezervlerinin tükenmesi, sonunda aerobik solunuma dönüşü gerektirir, aksi takdirde organizma, hücresel işlev bozukluğu ve ölümle karşılaşacaktır.
Harici Elektron Alıcılarına Bağımlılık :Anaerobik solunum, işlem sırasında elektron transferini kolaylaştırmak için sülfat, nitrat veya fumarat gibi harici elektron alıcılarının varlığını gerektirir. Bu elektron alıcıları mevcut değilse veya tükenmişse anaerobik solunum gerçekleşemez.