Buna karşılık, sindirim sisteminin temel işlevi gıdayı parçalamak, besin maddelerini absorbe etmek ve atık ürünleri ortadan kaldırmaktır. Çoğu balık türünde sindirim sisteminin ana bileşenleri arasında ağız, yemek borusu, mide, bağırsak ve karaciğer ve pankreas gibi sindirim bezleri bulunur. Bu yapılar ve fizyolojik süreçler sayesinde balıklar besinleri tüketebilir, onu kullanılabilir besinlere ayırabilir, enerji ve büyüme için bu besinleri emebilir ve sindirilmeyen maddeleri atık olarak dışarı atabilir.
Bu nedenle solungaçlar oksijen alımını kolaylaştıran bir solunum fonksiyonuna hizmet ederken, sindirim sistemi de gıdanın işlenmesinden ve gerekli besin maddelerinin elde edilmesinden sorumludur.