Bağlanma:Tripsin, aktif bölgesi ile bölünme bölgesini çevreleyen amino asit kalıntıları arasındaki spesifik etkileşimler yoluyla protein substratının yüzeyine bağlanır. Bu bağlanma, katalitik reaksiyonu kolaylaştıran konformasyonel değişiklikleri indükler.
Kataliz:Tripsinin aktif bölgesi, üç amino asit kalıntısından oluşan bir katalitik üçlü içerir:histidin, aspartik asit ve serin. Bu kalıntılar, peptid bağının hidrolizini (bölünmesini) kolaylaştırmak için birlikte çalışır.
Histidin:Histidin, bir hidrojen iyonunu (H+) bölünebilir peptid bağının karbonil oksijenine aktararak proton donörü olarak görev yapar. Bu protonasyon bağı zayıflatarak nükleofilik saldırıya karşı daha duyarlı hale getirir.
Aspartik asit:Aspartik asit genel bir baz olarak işlev görür ve serin kalıntısının hidroksil grubundan bir proton çıkarır. Bu deprotonasyon, reaksiyonda nükleofil görevi gören oldukça reaktif bir serin hidroksil grubu üretir.
Serin:Aktive edilmiş serin hidroksil grubu, bölünebilir peptid bağının karbonil karbonuna saldırarak bir tetrahedral ara ürün oluşturur. Bu ara madde daha sonra çökerek peptid bağının bölünmesine ve iki peptid fragmanının salınmasına neden olur.
Özgüllük:Tripsin, substrat bağlama cebinde hacimli bir yan zincirin varlığı nedeniyle bölünme modelinde özgüllük sergiler. Bu hacimli yan zincir, amino asitlerin bölünme bölgesinin yanında büyük yan zincirlere (prolin gibi) bağlanmasını önler. Sonuç olarak, trypsin tercihen peptit bağlarını ve ardından lizin veya arginin kalıntılarını, prolinin takip ettiği durumlar hariç, böler.
Tripsin, spesifik peptit bağlarını seçici olarak bölerek, protein tanımlama, dizileme ve karakterizasyon gibi çeşitli amaçlar için daha fazla analiz edilebilecek veya ayrılabilecek bir dizi daha küçük peptit fragmanı üretir.